基因突變不是隨機的？！Nature最新論文挑戰進化論
網友質疑：幸存者偏差？
博雯 豐色 發自 凹非寺
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基因突變，不是隨機的？
這與當前教材里的結論，截然相反。
還記得中學生物課本里一眾白眼果蠅、白毛小牛、或者長頸鹿、短頸鹿嗎？
在這些例子中，突變要么由外界人為導致，要么就是隨機，要靠自然選擇決定哪些突變會出現在生物體內。
但現在，一篇刊登在Nature上的最新論文，用實驗結果提出了這樣一個顛覆性的觀點：
突變出現的基因組區域有著明顯的規律性，并非隨機！
比如說，在對生存起決定性作用的必需基因區域，其突變率就幾乎下降了2/3。
論文開門見山地表示：這種近似于生物體為了生存而“主觀控制”基因突變的行為，和上述物競天擇、隨機突變的自然選擇是相悖的。
現在，這一研究不僅震動了科研圈，在推特上也引發了熱烈的討論：
而且這種顛覆性結論，還與用進廢退的拉馬克主義聯系在一起。
有網友甚至直接發問：
這是要為拉馬克主義平反了嗎？
從植物擬南芥上找到答案
這篇論文由兩所機構合作完成，分別是美國加州大學戴維斯分校和德國馬普所，都不是泛泛之輩。
為了弄清楚基因突變背后的深層規律，科學家們花了3年時間，研究了超過100萬個基因突變。
所有突變數據，都來自一種叫做擬南芥的植物，被科學家喻為“植物中的果蠅”。
這種植物由于植株小、結果多、生命周期短、基因組簡單、遺傳操作簡便（相比人類高達30億個的堿基對，它只有1.2億個），是進行遺傳學研究的理想材料。
這些植物在實驗室環境中進行栽培，到了第25代，每個品系已經有了40株幼苗。
然后就在這些幼苗生長到2周齡的四葉期時進行取樣，用基因數據分析軟件（GATK HaplotypeCaller12）進行基因變異點查找和分析。
令人驚訝的是，在這些突變中，科學家們發現其模式和預期不太一樣。
具體來說，基因組的一些特定區域突變率明顯更低：比其他區域降低了50%以上。
而這些突變率更低的區域中，科學家們發現主要是一些關乎細胞生長和基因表達的必須基因（essential genes），它們的突變率下降了2/3。
質疑：幸存者偏差？
這也就意味著，DNA突變，并不隨機。
至于為何各個位置基因突變概率不同，作者并沒有給出根本的原因——
究竟是本身這段DNA不易突變，還是后期DNA修復對這一段特別有效，暫未可知。
但這樣的結果，還是對被奉為圭臬的達爾文進化論，提出了新的挑戰。
此外，科學家還發現，通過包裹DNA的蛋白質的種類，可以很好地預測哪些基因比其他基因更有可能發生變異。
這種發現的影響，也令人振奮。
因為一旦掌握方法，可以用基因突變培育出更好的作物，還可以幫助科學家開發新的方法，來治療突變引起的癌癥。
質疑：幸存者偏差？
這篇論文的通訊作者為J.Grey Monroe，加州大學戴維斯分校植物科學系助理教授，2019年畢業于科羅拉多州立大學博士學位。
而他發布這一研究成果的個人推特下引來了極為廣泛的討論，一個最直接的質疑就是：
你怎么保證這不是一種幸存者偏差？
這是一張解釋幸存者偏差的非常經典的“飛機機身彈孔”圖：
從機身上不同位置的彈孔數判斷，中彈最嚴重的機翅應該被加固，而沒有多少彈孔的機艙則不需要。但事實上，打中機艙飛機會直接墜毀，根本就沒有再回來被統計彈孔數量的機會。
這條評論背后，質疑的是：
實驗測量的是存活個體，那些嚴重危害生存的突變個體可能根本就沒活下來，所以測得的結果都是非致命突變。
還有，參與基因表達、個體發展、組織分化的表觀基因組可能會影響實驗結果中的“突變率”。
有不少評論也提出了相似的觀點，認為論文所說的的突變率更低的基因組區域，或許本來就是保守的，不易變異的區域。
比如說保守序列（Conserved Sequences）就是一種在進化過程中保留下來的特定序列，不易變異，一般可以上推到物種進化初期。
而由于作者自己提出：我們的發現似乎與現有的“最早的突變隨機”的理論相悖，有人還想到了生物學上那個著名的“用進廢退”理論，問到：
這是要給拉馬克平反？
拉馬克最出名的就是他“用進廢退”的觀點，即生物經常使用的器官會逐漸發達，而不使用的器官會逐漸退化。
換句話說，也就是先選擇，再變異。
對此，通訊作者Grey Monroe在一篇后續的會議文檔中肯定地回復道：
這并非本篇論文的主題。
他表示，這項研究只是通過實驗證明了在某些情況下，突變是非隨機性的，并且是具有環境適應性的，這為生命進化的研究提供了新的證據和思路。
不過Grey Monroe也在最后表示，從歷史上來看，“突變是隨機的”顯然是一個過于簡單的斷言，或者“糟糕的假設”，而他很高興這篇論文引發了對這一理論的廣泛討論。
論文：
https://www.nature.com/articles/s41586-021-04269-6
參考鏈接：
[1]https://twitter.com/Grey_Monroe
[2]https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220112121512.htms/2022/01/220112121512.htm
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